Vergi uyuşmazlıklarının vergi mahkemelerinde dava yoluyla çözümlenmesi, vergi mahkemesi kararlarına karşı kanun yollarına, özellikle Bölge idare mahkemesi ve Danıştay’a yapılacak temyiz başvurusuna, yürütmenin durdurulmasına, vergi yargılamasında iddia ve savunmaların kanıtlanmasına ve kanıt türlerine, bilirkişilik ve bilirkişi incelemesine kadar, özellikli bazı durumlar bulunmaktadır.
Vergi ihtilafları son yıllarda giderek artarak, idare ve mükellefler arasında önemli sorunlara neden olabilmektedir. Vergi ve vergi cezası uyuşmazlıklarının çözümünü gün geçtikçe daha önemli hale gelmektedir.
Özellikle sahte fatura kullanımı ile ilgili düzenlenen vergi inceleme raporları, vergi tekniği raporları ve ayrıca sahte ve muhteviyatı itibariyle yanıltıcı belge düzenleme konularında yaşanan ihtilaflardan ilgili şirketler ve birçok vergi mükellefleri zarar görebilmektedirler.
Mükelleflerin vergi incelemesine tabi tutulması sonucunda düzenlen bu raporlara göre mükelleflere tebliğ edilen vergi ye ceza ihbarnameleri yargıya taşınabilmektedir.
Kimi zamanda takdir komisyonu kararlarına veya tutanaklara, yoklama fişlerine dayalı olarak yapılan cezalı tarhiyatlarda vergi yargısına konu edilebilmektedir.
213 Sayılı VUK ‘un 377’ nci maddesinde ”Mükellefler ile kendilerine vergi cezası kesilenler, tarh edilen vergilere ve kesilen cezalara karşı vergi mahkemesinde dava açabilirler ” denilmektedir.
 
Ayrıca Vergi Usul Kanununun 378 inci maddesine göre vergi mahkemesinde dava açabilmek için;
verginin tarh edilmesi,
cezanın kesilmesi,
tadilat ve takdir komisyonu kararlarının tebliğ edilmiş olması,
kesinti yoluyla alınan vergilerde istihkak sahiplerine ödemenin yapılmış ve ödemeyi yapan tarafından verginin kesilmiş olması  gerekmektedir.
Takdir ve tadilat komisyonu kararlan tek başlarına dava konusu yapılmasa da bu kararlara istinaden salınan vergiye ve kesilen cezaya karşı dava açılmaktadır.
Mükellefler sadece kendi verdikleri beyannamelere karşı dava açamamaktadırlar.
Vergi davaların büyük bir oranı, ikmalen re’sen ya da idarece yapılan tarhiyatlara istinaden düzenlenen vergi ceza ihbarnameleri oluşturmaktadır.
Bunun dışında vergi dairesince özel esaslara alınması halinde ve/veya özel esaslara alınacağına dair bir yazının tebliğ edilmesi halinde, ihtirazı kayıt konularak verilen beyannamelere istinaden davalar açılabilmektedir.
Ayrıca vergi hatalarının düzeltilmesi ve ” Şikayet yolu ile müracaat” kapsamında açılan davalar da bulunmaktadır.
Açılan davaların yoğun olduğu diğer bir idari işlem ise;
6183 sayılı Kanunda yer alan hükümler çerçevesinde mükelleflere tebliğ edilen ödeme emirleridir. Ayrıca aynı kanun uyarınca yapılan haciz, ihtiyati tahakkuk, ihtiyati haciz ve teminat istenmesine ilişkin işlemlere de dava açılmaktadır.
Öte yandan Anonim ve Limited şirket ortaklarının şirketten ayrıldıktan sonra ileriki yıllarda ayrıldıkları şirketlerin ödenmeyen vergi borçlarından dolayı önemli problemlerle karşı karşıya gelebilmektedirler.
6183 Sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü hakkında yasa ve uygulama genel tebliğleri doğrultusunda 3568 Sayılı Yasa’ya göre faaliyette bulunan Serbest Muhasebeci Mali Müşavir ve Yeminli Mali Müşavirlere yönelik uygulamada sorumluluk ile ilgili uyuşmazlıklar yoğunluk kazanmaya başlamıştır.
Özellikle meslek mensuplarının uygulamada “İkincil Amme Borçluları” olarak maruz kaldıkları tebligatlar, ödeme emirleri, vergi ve ceza ihbarnameleri ile ilgili sorunların çözümü için çalışmak gerekmektedir.
Gelir idaresinin uygulamaları zaman içerisinde vergi Yargısının hakemliğine taşınarak yargısal içtihatlar ortaya çıkabilmektedir.
İdarenin uygulamaları kendi içerisinde çözüme kavuşturulamadığı taktirde bu sorunlar yargının hakemliği doğrultusunda çözümlenebilmektedir.
Bu şekillerde yargının hakemliğine müracaat edilmesi halinde mükellefler duruma göre açtıkları davalarda kimi zaman haklılıklarını yargı önünde kabul ettirebilmekte, kimi zaman ise açtıkları davalar mahkeme tarafından reddedilebilmektedir.
Vergi mahkemesi kararlarına karşı üst yargı organı olma niteliğinde olan bölge idare mahkemesi veya Danıştay daireleri mükelleflerin itiraz veya temyiz taleplerini denetlemektedir.